Ingénieur d’Études Bioinformaticien.ne (expérimenté.e)

ETABLISSEMENT : Université de Lorraine

SERVICE ou U.F.R. : IMoPA, Biopole de L’UL, Ave de la Forêt de Haye

VILLE : 54500 Vandoeuvre les Nancy

IDENTIFICATION DU POSTE

Branche d’Activité Professionnelle (BAP) :A

Emploi-type de rattachement : Ingénieur d’Étude Bioinformaticien (expérimenté)

Catégorie : A

Quotité de travail (exprimée en %): 100% pendant 1 an, renouvelable.

Fonction du responsable hiérarchique direct : médecin-chercheur

Identité du responsable hiérarchique direct : Dr. Simona Pagliuca, Equipe 6 IMoPa

PRESENTATION GENERALE

Description de la structure d’affectation :

L’Unité Mixte de Recherche 7365 Ingénierie moléculaire, cellulaire et physiopathologie (IMoPA) se situe sur le campus Brabois-Santé aux abords de Nancy.

Elle relève de la double tutelle de l’Université de Lorraine (UL) et du CNRS, au sein duquel elle est rattachée conjointement aux Instituts CNRS Biologie et CNRS Ingénierie.

Les thématiques de recherche abordées par les huit équipes portent sur une variété d’expertises permettant de réaliser des études à l’échelon moléculaire, structural, cellulaire, ou intégré.

Elles sont complétées par :

• une recherche translationnelle pluridisciplinaire en thérapie cellulaire, médecine régénérative et dans le domaine des maladies inflammatoires chroniques, qui s’étend de la production de cellules souches ou immunitaires de grade clinique à visée antivirale ou anti-rejet de greffe, à la conception de biomatériaux de substitution à visée ostéo-articulaire et leur caractérisation par des techniques d’imagerie, en passant par l’étude des facteurs physiopathologiques liant les maladies inflammatoires articulaires et digestives.

• une recherche visant à la compréhension des mécanismes cérébraux sains et pathologiques de la cognition humaine, en s’appuyant essentiellement sur l’étude multi-modale et multi-échelle de populations cliniques, en particulier les patients épileptiques pharmaco résistants.

Description de l’équipe d’affectation : (Equipe CImIND)

L’équipe CImIND s’intéresse à l’étude de l’immunomodulation cellulaire en contexte inflammatoire et néoplasique et en particulier aux mécanismes de régulation intrinsèque des cellules immunitaires effectrices ou régulatrices en réponse aux modulations de leur environnement. L’équipe bénéficie d’une expertise nationale et internationale dans le domaine de l’ingénierie et des immunothérapies cellulaires ainsi que la compréhension des mécanismes d’échappement aux immunothérapies.

Description du poste :

L’ingénieur d’étude bioinformaticien participera aux projets de recherche de l’équipe, notamment dans l’analyse de données à haut débit (séquençage génomique, transcriptomique y compris à céllule unique, épigénétique, metagénomique) pour l’étude des mécanismes de surveillance anti-tumoral, d’échappement immunitaire, et d’évolution clonale dans les hémopathies malignes. Il/elle développera, appliquera et optimisera des outils bioinformatiques pour traiter, analyser et interpréter ces données.

DETAIL DES MISSIONS ET ACTIVITES

Missions principales :

• Développement et gestion des pipelines bioinformatiques :

• Conception, développement et optimisation des pipelines pour l’analyse des données génomiques, transcriptomiques (bulk et single cell), protéomiques, métagénomiques et de cytométriques
• Prise en charge du traitement de données de séquençage haut débit pour l’analyse de régions hyper-polymorphes du génome humain telles que les répertoires T et des gènes HLA.
• Intégration des bases de données biologiques et cliniques et interprétation des résultats.

• Analyse et visualisation des données :

• Développement d’algorithmes pour l’analyse des séquences génétiques et des mutations dans les gènes immunitaires (HLA, TCR, KIRs, etc)
• Utilisation d’outils statistiques et de de machine learning pour la modélisation et l’analyse des données complexes (R, Python).
• Participation à la conception des expériences bioinformatiques en collaboration avec les biologistes.

• Stockage et gestion des données :

• Mise en place et gestion de solutions sécurisées pour le stockage des données de séquençage à haut débit.
• Assurer la sauvegarde régulière des données et leur archivage dans des bases de données internes et externes.
• Suivi des bonnes pratiques en matière de gestion de données massives et conformité aux réglementations en vigueur (RGPD, sécurité des données).
• Collaborer à la structuration des données biologiques dans des formats standardisés pour faciliter leur partage au sein des équipes de recherche et avec des partenaires externes.
• Utilisation de clusters de calcul haute performance

• Rédaction et documentation :

• Rédiger les rapports techniques, les protocoles et participer aux publications scientifiques de l’équipe
• Assurer la maintenance et la documentation des pipelines bioinformatiques développés.
• Se tenir informé des évolutions des technologies de séquençage et d’analyse multi-omique
• Proposer des améliorations et des optimisations des méthodes existantes.

• Collaborations scientifiques :

• Travailler en étroite collaboration avec les biologistes et cliniciens pour intégrer les résultats bioinformatiques dans les projets de recherche.
• Participer à la formation des utilisateurs (biologistes, stagiaires) sur l’utilisation des outils bioinformatiques.

DUREE du CONTRAT

1 an à partir du 1er janvier 2026, renouvelable 1 fois.

Ce poste offre la possibilité d’évolution vers un parcours académique, une thèse de sciences ou un post-doctorat.

PERSONNE CONTACT

Pour toute candidature, merci de joindre :

Pr. Simona Pagliuca

Equipe CImIND IMoPA, Université de Lorraine, Ave de la Forêt de Haye

54500 Vandoeuvre les Nancy

s.pagliuca@chru-nancy.fr